Cei care se opun alimentelor modificate genetic implică o gamă largă de grupuri de interese, de la Greenpeace la asociațiile fermierilor la bisericile creștine și așa mai departe. Opoziția lor este concentrată în trei domenii:
În primul rând, modificarea genetică este împotriva naturii și, prin urmare, dăunătoare. Suporterii replica că culturile de astăzi nu mai sunt soiuri primitive, altfel legumele pe care oamenii mănâncă ar trebui să fie la fel ca iarba pe care animalele mănâncă.
În al doilea rând, după ce genele cu rezistență la erbicide sau funcții toxice de ucidere a dăunătorilor sunt introduse în plante, sunt alimentele pe care le oferă în condiții de siguranță pentru oameni? Ca răspuns la acest punct, susținătorii au subliniat că până în prezent, nici o instituție de cercetare calificată nu au găsit dovezi că alimentele modificate genetic dăunează sănătății umane, dar impactul lor pe termen lung poate fi dedus doar, și este dificil de a obține dovezi cuprinzătoare pentru a convinge oamenii.
În al treilea rând, este posibil ca promovarea plantelor modificate genetic să afecteze prea grabesc agricultura și mediul ecologic? Promovarea culturilor modificate genetic care sunt rezistente la erbicide poate încuraja fermierii să autilizează excesiv erbicidele, provocând vătămarea sau chiar dispariția unor culturi neprinsii principale. Mulți fermieri din țările în curs de dezvoltare au utilizat astfel de culturi neprinprinse ca alimente suplimentare sau ca hrană pentru animale. Us Fisheries and Wildlife Administration a descoperit că 74 de specii de plante sunt afectate de erbicide și sunt pe cale de dispariție.