Cromatografie lichidă de înaltă performanță (HPLC)

Deși electroforeza bidimensională a gelului (2-DE) este o metodă utilizată în mod obișnuit pentru analizarea întregului proteom, aceasta are limitări, ar fi capacitatea limitată de separare, efectul discriminatoriu și procedurile de operare complicate. Este adesea dificil să se obțină rezultate satisfăcătoare pentru analiza gamei dinamice mari, a abundenței scăzute și a proteinelor hidrofobe. Chong et al. a folosit HPLC/spectrometria de masă pentru a compara și analiza expresia diferențială a proteinelor premaligne și canceroase. Proteina a fost separată de HPLC, iar fracțiunile colectate au fost identificate de MALDI-TOF-MS, astfel încât proteina a fost analizată cantitativ în expresia diferențială a celor două tipuri de celule. Ca un nou tip de tehnologie de separare, cromatografie lichidă multidimensională nu are limitarea masei moleculare relative și a punctului izoelectric. Prin combinarea diferitelor moduri, elimină efectul discriminatoriu al electroforezei bidimensionale cu gel. Are caracteristicile de capacitate maximă mare și automatizare ușoară. Cromatografie bidimensională de schimb de ioni în fază inversă (2D-IEC-RPCC) este cel mai frecvent utilizat sistem de separare a cromatografiei lichide multidimensionale în cercetarea proteomică.