Începând din 2013, nu există o clasificare clară a alimentelor modificate genetic, iar diferite clasificări pot fi făcute în funcție de standarde diferite în funcție de practică.
În funcție de faptul dacă alimentul modificat genetic conține o sursă modificată genetic ca standard, acesta poate fi împărțit în următoarele trei tipuri diferite:
(1) Alimentele modificate genetic care nu conțin alimente modificate genetic se referă la alimente derivate din organisme modificate genetic, dar produsele în sine nu conțin gene transferate.
(2) Alimentele modificate genetic conțin ingrediente modificate genetic, dar caracteristicile lor au fost modificate în timpul prelucrării, iar genele active transferate nu mai există în alimentele modificate genetic.
(3) Alimentele modificate genetic conțin componente genetice active. După ce oamenii mănâncă astfel de organisme modificate genetic sau alimente, genele transferate și genele inerente ale organismelor vor afecta corpul uman.