Există două aspecte principale, unul este proteomica structurală, iar cealaltă este proteomica funcțională. Frontierele sale de cercetare sunt împărțite aproximativ în trei domenii:
(1) Stabilirea proteomului sau subproteomului și a grupului său de legătură proteom pentru organisme sau celule tisulare legate de baza de date a genomului sau a transcriptomului, adică proteomica constitutivă.
(2) Efectuarea proteomicăi locale sau a proteomicii comparative a sistemelor sau proceselor fiziologice și patologice importante pentru procesele importante de viață sau pentru bolile umane majore.
(3) Pentru a studia interacțiunea dintre proteine printr-o varietate de tehnologii avansate și harta proteinele unui anumit sistem, care este, proteomica interactivă, de asemenea, cunoscut sub numele de "atlas celular" proteomica.
În plus, odată cu aprofundarea cercetării proteomică, au apărut noi direcții de cercetare, ar fi proteomica subcelulară și proteomica cantitativă. Proteomica este o metodă importantă de cercetare a biologiei sistemelor.