Cei care se opun alimentelor modificate genetic implică o gamă largă de grupuri de interese, de la Greenpeace la fermieri' asociații cu bisericile creștine și așa mai departe. Opoziția lor se concentrează în trei domenii:
În primul rând, modificarea genetică este împotriva naturii și, prin urmare, dăunătoare. Susținătorii au replicat că astăzi culturile&nu mai sunt soiuri primitive, altfel legumele pe care le mănâncă oamenii ar trebui să fie aceleași cu iarba pe care o mănâncă animalele.
În al doilea rând, după ce genele cu rezistență la erbicide sau funcții toxice de ucidere a dăunătorilor sunt introduse în plante, alimentele pe care le furnizează sunt sigure pentru oameni? Ca răspuns la aceasta, susținătorii au subliniat că până în prezent, nici o instituție de cercetare calificată nu a găsit dovezi că alimentele modificate genetic dăunează sănătății umane, dar impactul lor pe termen lung poate fi dedus doar și este dificil să se obțină dovezi cuprinzătoare pentru a convinge oamenii.
În al treilea rând, este posibil ca promovarea plantelor modificate genetic să afecteze prea repede agricultura și mediul ecologic? Promovarea culturilor modificate genetic, care sunt rezistente la erbicide, poate încuraja fermierii să utilizeze în exces erbicidele, afectând sau chiar dispariția unor culturi non-principale. Mulți fermieri din țările în curs de dezvoltare au folosit astfel de culturi non-principale ca hrană suplimentară sau ca furaj. Administrația americană pentru pescuit și viață sălbatică a descoperit că 74 de specii de plante sunt puse în pericol de efectele erbicidelor.